Załóżmy, że mamy już wybraną roślinę, że zdecydowaliśmy się, jaką formę jej nadamy, a nawet wykonaliśmy już pierwsze cięcie określając tym samym wysokość drzewka. Teraz przychodzi pora, aby usunąć wszystkie gałązki niepotrzebne. Najpierw dokładnie usuwamy wszystkie, nawet najdrobniejsze gałązki zeschnięte. W stanie bezlistnym zazwyczaj różnią się one od gałązek żywych jaśniejszą barwą kory, która może być pomarszczona lub miejscami już odstająca, dająca się łatwo odłupać. W przypadkach wątpliwych można wierzchołkiem noża zadrasnąć lekko korę. Na gałązkach żywych pod korą ukażą się zielone tkanki wewnętrzne, na gałązkach martwych zobaczymy tkanki obumarłe, brązowe, beżowe lub prawie czarne. Następnie usuwamy gałązki uszkodzone mechanicznie, złamane, rozerwane, pokruszone. Jeśli gałązka złamana jest w połowie długości, a na części bliżej pnia głównego wyrastają boczne pędy drugorzędne należy początkowo gałązkę tylko skrócić. Boczny pęd być może będzie potrzebny.

Przejdźmy teraz do cięcia pozostałych zdrowych gałązek. Niezależnie od wyboru stylu prowadzenia drzewka wystarcza pozostawienie trzech do pięciu głównych konarów. Pozostałe gałązki należy usunąć. Usuwa się więc te, które wyrastają na tej samej wysokości pnia, co wybrany do pozostawienia konar główny. W żadnym wypadku na jednej wysokości nie może wyrastać więcej niż jeden pęd. Na konary główne nadają się gałązki wyrastające z pnia pod zbyt ostrym kątem skierowane ku górze lub ku dołowi, gałązki mocno zakrzywione. Szczególnie Ľle widziane są gwałtowne, geometryczne zmiany kierunku wzrostu gałązki. Nie mogą być konarami gałązki krzyżujące się z pniem głównym lub pozostałymi konarami. Niedobrze jest też pozostawić gałązki ułożone równolegle do siebie, wyrastające po tej samej stronie pnia i nakładające się nawzajem. Trzeba wybrać jedną z nich.

Ogólnie można powiedzieć, że formowanie drzewek bonsai przypomina w zasadach formowanie drzew owocowych i ozdobnych. Amatorom ogrodnictwa zaprawionym w corocznym cięciu drzew owocowych na pewno będzie łatwiej przeprowadzić te operacje w skali miniaturowej. Należy pamiętać, że najłatwiejszą sprawą w wyborze gałązek na konary główne jest ich położenie na pniu, bowiem kierunek wzrostu można korygować kilkoma metodami, o czym będzie w dalszej części tekstu.

Część nadziemna, pień, konary i gałązki boczne, to tylko połowa drzewa. Równie ważna jest jej część podziemna, korzeń główny i korzenie boczne. Po silnym cięciu części nadziemnej drzewka, należy pomyśleć o cięciu części podziemnej. Jeśli pracujemy nad drzewkiem z gołymi, odsłoniętymi korzeniami (np. drzewko lub krzew liściasty z tradycyjnej szkółki gruntowej), to cięcie korzeni można przeprowadzić łatwiej. Obowiązują takie same zasady ogólne, jak przy cięciu części nadziemnej. Najpierw usuwa się korzenie obumarłe, potem uszkodzone, wreszcie skraca się pozostałe, bacząc, aby na pozostawionej części korzenia głównego było sporo korzeni bocznych. O wiele trudniej postępować z roślinami pochodzącymi ze szkółki pojemnikowej.

W szkółce pojemnikowej rośliny uprawiane są w podłożu organicznym, zwykle o dużej zawartości torfu wysokiego, tworzą więc bardzo intensywny system korzeniowy. Występuje wielka liczba drobnych korzeni bocznych, tworząca zbitą masę. Pierwszym etapem formowania części podziemnej w takim przypadku jest usunięcie wierzchniej warstwy podłoża, najczęściej słabiej przerośniętej korzeniami. Przy okazji odsłonięte zostaną podstawa pnia i nasady głównych korzeni. Następnie można odciąć splątane korzenie rosnące wzdłuż ścian pojemnika i kłębiące się na jego dnie. W rezultacie można zmniejszyć objętość bryły korzeniowej do 1/4 jej pierwotnej objętości. Ostatecznie wielkość pozostawionej bryły korzeniowej zależy od wielkości pozostawionej po cięciu części nadziemnej (równowaga!), ale także od możliwości zapewnienia właściwej pielęgnacji w przyszłości. Im lepszą opieką otoczymy uformowane drzewko, tym mniejsza może być pozostawiona jego bryła korzeniowa. Jeśli jednak nie mamy pewności, że opieka ta będzie idealna, lepiej rozłożyć formowanie części podziemnej na dwa-trzy lata i rozpoczynając formowanie pozostawiać większą, niż by to wynikało z estetyki, bryłę korzeniową. Zmniejszymy ją w następnym roku. Formowanie bonsai ciągnie się latami. Pamiętajmy o tym.

Źródło tekstu:
"Bonsai - Kompedium wiedzy 2007"
bonsai.kamcio.com